醫師工程師組在於藉由與交大校區合作,提供紮實的電資與醫學專業領域課程,進而培育兼具未來數位醫療產業技術研發、創業及領導能力之醫師。這部分的課程設計與本校的醫學工程系課程理念並不盡相同。且本組的學生在前兩年將會在新竹交大校區上課,所使用的教學資源為交大校區部分,本組學生優勢在於與純電機資訊的學生共同修課,在上課過程中能夠藉由與同學互動學習到專業工程訓練的思維,並且在修畢並通過本組所規定之必修及選修所有課程,將授予「醫學士學位」暨加註「電資雙專長」之畢業證書。我們醫學系目前包含醫師組、醫師科學家組與醫師工程師組,就是為了三種不同特長的醫學生提供適當的課程。這個部分就是與醫工系不同的目標設定。