第一章 背景
國立陽明交通大學醫學系從1996年開始籌畫進行教學改進，經過計畫、座談、參訪國內外教改成功的知名醫學院校、舉辦醫學教育研習營和小組引導老師訓練營等活動後，於1999年9月開始，從四年級的「臨床診斷學」及「實驗診斷學」兩門課著手，經過適當的整合，重新設計為以PBL(問題導向學習，problem-based learning)為核心概念的「臨床診斷學暨實驗診斷學」實驗課程；2000年亦將三年級下學期的「病理學」課程撥出部份學分數設計成PBL小組討論課程；2001年起進一步以「臨床診斷學暨實驗診斷學」為核心，以器官系統為原則，將四年級除了公共衛生領域以外的所有傳統基礎和臨床醫學課程，全面整合成為PBL的教學區段。自2002年起實施七年制課程。
本系自2013年起入學的學生，已開始接受全新六年學制的課程，一二年級為醫預教育，包含通識教育課程及醫學人文課程、科學發表與思維課程，這些課程的共同特色是加強小組教學與體驗課程；三四年級是以PBL為核心的基礎臨床整合課程：三年級的課程為基礎醫學PBL整合課程，以區段形式授課；四年級課程為基礎臨床醫學PBL整合課程，其中PBL整合課程也以區段形式授課。五六年級的臨床實習訓練則調整為實習前導入課程（兩個月）、核心實習訓練（core clerkship48週，於臺北榮民總醫院及和信治癌中心醫院）及準實習醫師訓練（Subinternship36週，於臺北、臺中和高雄榮民總醫院，一個月於國立陽明交通大學附設醫院實習，同時允許最多12週至教學醫院以及其他國內外教學醫院外調實習）。在此三階段（兩年醫預課程，兩年基礎臨床整合課程，兩年臨床實習課程）的六年制課程架構下，醫學人文及醫師與社會課程、醫師科學家課程、溝通技巧課程、以及社區醫學課程，則貫穿於六年之中，期能達成垂直與橫向整合的目標。
本系兩年醫預課程、兩年PBL基礎臨床整合課程和兩年的臨床實習訓練，與美國的醫學教育課程完全接軌。此外尚有具特色的醫師科研學程，規劃了跨領域、跨系所並統合大學部與研究所課程的綜合性訓練學程，提供學生多管道的學習訓練環境及研究的交流推廣。其目的在提早培育醫學生獨立創新研究的能力，並以培育醫師科學家(Physician Scientist)為具體目標。現醫師科學家已從學分課程，發展到自2015年開始招生的跨領域生醫人才培育班「個人申請醫師科學家組」，為了因應新世代醫學發展的趨勢，以新的課程設計，培養兼具臨床專業能力與科學研究能力的生醫領袖人才。希望招收對科學研究有高度熱忱的醫學生，給予正規的臨床醫學教育與多元的生醫科學研究訓練。醫學生於前兩年接受「跨領域生醫人才培育」的基礎科學教育，三四年級為原有的醫學系課程，之後進行論文研究學習，再銜接醫學系原有的五六年級實習課程。學生完成所有畢業條件後，得同時取得醫學士與碩士雙學位。
本系自2020年開始招收第一屆醫師工程師組學生，規劃六年「跨域雙專長課程」，一二年級於交大校區接受紮實的電資與醫學基礎課程；三年級回到陽明校區與同級醫學系同學一起修讀醫學專業相關課程，畢業可取得「醫學士學位」暨加註「電資雙專長」之畢業證書。
第二章 使命
本系的使命為培訓具備「仁心仁術、終身學習、視野寬廣、關懷社會及多元發展潛力之醫師」。
陽明大學於民國六十四年創校，其目的便是培育到偏鄉服務的醫學系公費生，而過去三十多年間，本系培育出無數具使命感的醫學系公費生，他們皆肩負著國家衛生醫療政策的實踐，成果斐然。此外，為了順應世界潮流，本系的使命也做了一些修正，主要是要培訓具備「仁心仁術、終身學習、視野寬廣、關懷社會及多元發展潛力之醫師」。
醫學系的學生，在畢業後大多數從事臨床醫療工作，他們除了成為具有仁心仁術的醫師外，在資訊發達、知識爆炸及醫師在社會中的角色不斷演變的今日，醫師必須具有廣闊的視野、關懷社會脈動以及終身不斷學習，為此，醫學系訂出六大核心能力，透過校內必修課程培養出能適應潮流，並勝任當世社會所需要的良醫:
1. 人文素養與社會關懷
人文素養是一種學養，也是一種態度。除了疾病的診斷及治療外，醫師須多 方面地從心理、生理、社會、環境去切入疾病之癥結，並提供關懷和必要的協助。具有人文素養及社會關懷的醫師，才能從同理心及洞察他人的痛苦，建立醫病相互的正向關係及責任。
2. 專業知識與自主學習
不可諱言，良好及豐富的專業知識是醫師診療疾病的要件。除了課堂及教科書能傳授的知識外，醫學系投注很大的人力物力及時間於培養未來良醫的自主學習能力，因為醫師必須終其一生主動與他人交流、執行研究、運用搜尋工具、參與研討活動以與時俱進，造福病患。
3. 溝通協調與團隊合作
當代醫療為達到對病患的全方位照顧，跨領域多種專業人才的共同合作勢不可免，雖醫師在醫療團隊中被視為舵手，為了能順利推動醫療照護，務須避免有一呼百諾的強勢心態和作為，另如日後主持研究團隊，甚將與許多非醫療專業人才合作，故醫學系以問題導向學習等小組合作討論模式及溝通課程，持續訓練未來良醫們的溝通協調與團隊合作能力。此外，醫學系醫師科學家組課程以MD/PhD為目標，醫師工程師組推動 MD/Engineer跨領域雙專長課程，另拓展海外大學合作，均可讓參與的學生大幅磨練其溝通協調與團隊合作知能。
4. 專業素養及堅守倫理
醫師所應具備的專業及倫理素養包括：Altruism（利他）、Accountability（可靠）、Compassion (同理心) 、Competence (有能力)、Confidentiality (守密)、Excellence（傑出）、Morality & Ethics（道德）、Honesty and integrity（誠實 & 正直）、Respect Patients（尊重病患）、Responsibility (責任)。這些特質對成為一位兼具專業素養及堅守倫理的良醫亟為重要，但非一蹴可及，有鑒於此，從一年級的通識課程至五年級的臨床實習，均安排相關課程及科別加以培養。
5. 全人醫療與健康照護
全人醫療不僅強調生病前要提供正確有效的預防方法、生病時要提供以病人為中心之醫療照護，同時也強調生病後要有正確、有尊嚴的復健及支持。為此本系的課程除了醫學專業技能的傳授外，亦相當著重公共衛生、預防醫學等相關能力的培養，期望未來對病患的照顧能兼顧深度及廣度。
6. 邏輯思辨和自我反省
邏輯思辨是優秀的診療能力必備的一環，而從做中思考己身的不足，才能持續精進，提供更好的醫療照護、醫病及跨領域溝通。此外這兩種能力，對良好的醫學研究者也是不可或缺的。本系從多種課程包括問題導向學習中，訓練學生培養邏輯思辯能力並從師生、組員間及自我回饋中，謙虛接受他人的建議，反思一己之長短並加以調整，這些特質的形成，對未來行醫將大有助益。
此外，還有較少數的醫學生在畢業之後從事基礎醫學的研究工作，亦有部分專攻公共衛生或衛生行政的領域，近年來也逐漸有學生跨領域從事生醫新創產業的工作，因此，醫學系畢業生在未來的專業發展領域中可有許多不同的選擇，培養他們具有多元發展潛能是醫學系的使命及教育目標。
第三章 願景
本系的願景是成為國際一流之醫學教育與研究學府。
本系致力於成為華語地區醫學教育改進與創新的標竿，希望能與世界一流醫學院接軌，培育出最優秀的醫師、教師、研究人員及醫療產業技術研發與創業之領導者，成為國際一流之教育與研究學術機構。