一、設立目標
PBL整合課程的目標，乃希望藉由臨床的教案進行腦力激盪，提升學習基礎課程的能力、團隊合作的能力、思考並有效解決臨床問題的能力。在醫療資訊爆炸的現代，單純的大堂課學習已無法最有效率地取得醫學的知識只能得到最基本的認識而已；相對地，藉由PBL的主動學習方式，較積極於學習、擁有妥善時間管理的同學便能夠利用學習的空檔，將基礎學科互相連結、並且往正確的方向主動學習臨床知識，進而達到良好的學習效果。一顆勇於面對問題、汲於學習新知的心，是在PBL整合課程中最需要的。從問題導向小組學習的進行過程中可訓練未來醫事人員終身自我學習、獨立思考及解決未來世界不可預期之問題的能力，讓學生認識基礎醫學的臨床實用意義，提高學生對基礎醫學知識學習的主動性。
二、課程特色
醫三牙二基礎整合課程設計係參酌加拿大英屬哥倫比亞大學(University of British Columbia)及美國密蘇里大學(University of Missouri-Columbia School of Medicine) 醫學院一、二年級的基礎臨床整合問題導向學習(PBL: problem-based learning)課程，配合我國學制之架構與陽明大學之學習資源及學生素質，而構成的一套全新醫學教育課程，其特色如下：
(一) 課程以新的醫學教育理念為根據，大幅減少傳統授課，增加以臨床問題為基礎(PBL)、自我導引(self-directed)的學習方式，並整合基礎醫學課程、提早融入臨床醫學。
(二) 每學期課程均包含數個學習區段(learning blocks)，每一區段包含數週之授課及問題導向學習PBL病案討論，並且融入適度之醫病關係(Physicians and Society)，以及段考測驗。講堂授課及實驗課程涵蓋各學習區段之核心概念， 作為瞭解臨床病案之基礎知識，減少重複繁瑣的過度細節，以加強學習效果 PBL問題導向學習係以臨床病案導引學習方向，強調基礎醫學觀念在臨床狀 況之應用，並加入公衛議題。學生每8至9人一組，分組進行學習，每組並有1∼2名引導老師(faculty tutor或facilitator)，協助學習。
三、規劃原則
醫三牙二課程整合成以器官系統為主軸之區段設計，包含10個區段，除第1區段外，每週均有二次PBL教案討論，然進行方式仍為四節式(4 sections)，重點在於學習疾病發生的結構、生理、生化、遺傳、心理及社會基礎。各區段安排如下：
| 區段名稱 (Learning Blocks) | 區段週數 (Weeks) | 授課時數 (lecture hours) | 實驗時數 (lab hours) | PBL 時數 |
| Introduction to Human Biology | 3 | 32 | 18 | 0 |
| Musculoskeletal System | 5 | 25 | 25 | 7 |
| Cardiovascular System | 3.5 | 19 | 14 | 7 |
| Pulmonary System | 2 | 13 | 8 | 7 |
| Gastrointestinal System | 4.5 | 17 | 12 | 7 |
| Winter recess | ||||
| Endocrine & Metabolism | 4 | 32 | 18 | 7 |
| Brain & Behaviors | 7 | 42 | 24 | 7 |
| FERGU(Fluid, electrolytes, renal and genitourinary system) | 2.5 | 14 | 12 | 7 |
| Reproduction System | 2 | 15 | 8 | 7 |
| Growth & Development | 2.5 | 20 | 0 | 7 |
除了最初的introduction區段沒有PBL教案，各個區段皆安排一個與該區段的課程相關的臨床教案，再加上初次PBL之前會以一個較簡單的示範教案做為練習，因此，在大三階段總共會有十個PBL教案。以呼吸區段為例，在大講堂安排上有解剖3小時搭配實驗2小時；胚胎學1小時；組織學1小時搭配實驗2小時；生理學7小時搭配實驗4小時；影像學1小時；這個區段安排1個PBL教案，教案內容是以大講堂的課程為基礎，再訂出需要的教案學習目標後，請臨床醫師依據此學習目標撰寫教案內容。
四、如何規劃
PBL整合課程是大三主要的上課模式，將各基礎學科包含解剖、組織、胚胎、生理、神經解剖、遺傳的進度重新排列，將相關聯的課程安排在一起進行，同時藉由小組討論的方式，討論與課程進度相關的臨床案例，藉以增進學習效果。新課程與基礎臨床整合課程並行的其他教學包括醫病關係以及社會科學核心課程等，分為「PBL整合課程」 、 「醫學人文與社會」 及「公共衛生」 。
(一)PBL整合課程
| 學科 | 新課程總學分 | 上學期學分 | 下學期學分 |
| 大體解剖學Gross Anatomy | 3 | 2 | 1 |
| 大體解剖學實驗Gross Anatomy Laboratory | 1 | 0.8 | 0.2 |
| 組織學Histology | 2 | 1 | 1 |
| 組織學實驗Histology Laboratory | 1 | 0.5 | 0.5 |
| 神經解剖學Neuroanatomy | 2 | 0 | 2 |
| 神經解剖學實驗Neuroanatomy Laboratory | 0.5 | 0 | 0.5 |
| 生理學Physiology | 5.6 | 2.2 | 3.4 |
| 生理學實驗Physiology Laboratory | 1.2 | 0.8 | 0.4 |
| 醫學遺傳學Medical Genetics | 1.6 | 0 | 1.6 |
| 胚胎學Embryology | 1.6 | 0.6 | 1 |
| 社區醫學 | 1 | 1 | |
| 社區醫學實習 | 2 | 1 | 1 |
| 學分數小計 | 9.9 | 12.6 | |
| 總學分數 | 22.5 |
註：五年級另有2學分臨床解剖學與3學分實驗外科整合授課。
授課方式
採大講堂教學、實驗教學以及問題導向小組討論方式進行教學。問題導向小組教學乃整合基礎與臨床醫學課程，以實際臨床案例來整合基礎與臨床的學習目標，並且和大堂的授課內容互相整合。學習過程強調學生的主動學習、深刻思考、團隊參與及分工。
目前醫學系PBL課程除加強課堂上教師(Tutor)之引導技巧外，更安排教師與學生每學期至少個別輔導2次，透過師生一對一訪談，提出學生在問題導向小組學習過程中須加強改進之處，並瞭解其課業上遭遇之學習困難，給與其個別輔導。教師除了指導課業學習，並扮演Mentor 的角色，關心學生其他生活層面的成長，給予學生個別輔導與支持。
評量方法
採各學科區段累進及期末考比例方式計算該學門成績，累進方式係先計算各區段成績，各區段成績之累進比例依據各學門在各區段之比重，計算其所得累進成績。
除了考試及平時考核外，最近年度加設雙向評量表，提供學生作自我反思與評量、同儕回饋與教師回饋，使系辦能即時並適時掌握每位學生的學習狀況；並透過雙向、三向意見回饋，讓教師、同儕及學生能相互改進，共同成長。
| 學科 | 新課程總學分 | 上學期學分 | 下學期學分 |
| 生物統計學 | 2 | 2 | |
| 醫事法律 | 1 | 1 | |
| 流行病學 | 2 | 2 | |
| 進階公共衛生議題 | 1 | 1 | |
| 總學分數 | 6 | 4 | 2 |