一、設立目標
(一) 以問題導向小組學習(PBL)之實際臨床案例和大堂的授課內容來整合基礎與臨床的學習議題。
(二) 學習過程強調學生的主動學習、深刻思考、團隊參與及分工。以訓練未來醫事人員終身自我學習、獨立思考及解決未來世界不可預期之問題的能力。
(三) 讓學生認識基礎醫學的臨床實用意義，提高學生對基礎醫學知識學習的主動性。
(四) 在評量方面，以雙向評量表的方式，提供學生作自我反思與評量、同儕回饋與教師回饋，使系辦能即時並適時掌握每位學生的學習狀況；並透過雙向、三方意見回饋，讓教師、同儕及學生能相互給予鼓勵與建議，共同成長。
二、課程特色
醫學系四年級臨床整合課程設計係參酌加拿大英屬哥倫比亞大學(University of British Columbia)及美國密蘇里大學(University of Missouri-Columbia School of Medicine) 醫學院一、二年級的基礎臨床整合問題導向學習(PBL: problem-based learning)課程，配合我國學制之架構與陽明交通大學之學習資源及學生素質，而構成的一套醫學教育課程，其特色為課程以新的醫學教育理念為根據，大幅減少傳統授課，增加以臨床問題為基礎(PBL)、自我導引(self-directed)的學習方式，並整合基礎醫學課程、提早融入臨床醫學。
三、規劃原則
每學期課程均包含數個學習區段(learning blocks)，每一區段包含數週之授課及問題導向學習PBL病案討論，並且融入適度之醫病關係(Physicians and Society)、醫療與社會人文課程以及基礎臨床技能訓練課程(Basic clinical skills training)，測驗方式除傳統各學科考試外，基礎臨床技能訓練課程尚有期末GOSCE跑考。寒、暑假依學校之行事曆施行。講堂授課及實驗課程涵蓋各學習區段之核心概念，作為瞭解臨床病案之基礎知識，減少重複繁瑣的過度細節，以加強學習效果。PBL問題導向學習係以臨床案例導引學習方向。學生每7至8人一組，分組進行學習，每組並有1∼2名引導老師(faculty tutor或facilitator)，協助學習。
除了最初的introduction區段及皮膚區段沒有PBL教案，其他的各個區段皆安排一個與該區段的課程相關的臨床教案，因此，在大四階段總共會有十二個PBL教案。以呼吸學區段為例，在大講堂安排上有循環學19小時搭配；影像診斷學2小時；放射治療學1小時；藥理學4小時；病理學(含實驗)8小時；這個區段安排1個PBL教案，教案內容是以大講堂的課程為基礎，再訂出需要的教案學習目標，請臨床醫師依據此學習目標撰寫教案內容。
四、如何規劃
PBL整合課程是大四主要的上課模式，除了各臨床學科包含11個區段，分別為臨床醫學簡介區段、心臟循環區段、呼吸區段、內分泌及新陳代謝區段、消化區段、神經精神區段、皮膚區段、骨關節區段、風濕免疫及傳染區段、腎臟及泌尿區段、血液腫瘤區段等相繼進行，各區段並搭配相關聯課程如病理學、藥理學、影像診斷學、放射治療學、核子醫學、復健醫學等一起進行，同時藉由小組討論的方式，討論與課程進度相關的臨床案例，以增進學習效果。課程尚包括醫病關係以及社會科學核心課程等，分為「PBL整合課程」、「醫療與社會人文」、「基礎臨床技能訓練課程」部分。
(一)授課方式
課程包含11個區段，除部分區段外，每週均有一次PBL教案討論，進行方式為腦力激盪、尋找學習議題、資料回報及教案製作老師統整復習四節式(4 sessions)，重點在於學習疾病之病理發生機轉、流行病學、診斷流程、醫病關係、精神心理及醫學人文與社會之研究並訓練同學邏輯思考診斷疾病之能力。各區段安排如下：
| 區段名稱 (Learning Blocks) | 區段週數 (Weeks) | 授課時數 (lecture hours) | 實驗/見習時數 (lab hours) | PBL 時數 |
| Introduction to Clinical Medicine | 1 | 28 | 0 | 0 |
| Cardiovascular | 3 | 37 | 4 | 6 |
| Pulmonary | 2 | 34 | 3 | 6 |
| Endocrine & Metabolism | 2 | 30 | 3 | 6 |
| Gastrointestinal | 3 | 37 | 3 | 6 |
| Brain & Behaviors | 4 | 81 | 3 | 12 |
| Integument | 1 | 17 | 0 | 0 |
| Winter recess(寒假) | ||||
| Musculoskeletal & Rheumatology | 3 | 35 | 4 | 6 |
| Allergy, Immunology & Infection | 4 | 54 | 4 | 12 |
| FERGU | 4 | 54 | 4 | 12 |
| Hematology & Oncology | 4 | 46 | 4 | 6 |
(二)授課內容
醫學系四年級課程學分數一覽表：
(1)PBL整合課程
| 科目 | 課程總學分 | 上學期學分 | 下學期學分 |
| Cardiovascular medicine循環學 | 1.5 | 1.5 | 0 |
| Pulmonary medicine呼吸學 | 1.5 | 1.5 | 0 |
| Endocrinology新陳代謝及內分泌學 | 1.4 | 1.4 | 0 |
| Gastroenterology消化學 | 1.5 | 1.5 | 0 |
| Orthopedics骨骼關節學 | 1.6 | 0 | 1.6 |
| Allergy, Immunology, & Rheumatology免疫病學 | 1.7 | 0 | 1.7 |
| Nephrology腎臟學 | 1.3 | 0 | 1.3 |
| Urology泌尿學 | 1.3 | 0 | 1.3 |
| Hematology血液學 | 1.2 | 0 | 1.2 |
| Oncology腫瘤學 | 1.1 | 0 | 1.1 |
| Infection傳染病學 | 1.2 | 0 | 1.2 |
| Neurology神經學 | 1.5 | 1.5 | 0 |
| Psychiatry精神科學 | 1.6 | 1.6 | 0 |
| Dermatology皮膚科學 | 1 | 1 | 0 |
| Nuclear medicine核子醫學 | 0.7 | 0.4 | 0.3 |
| Imaging Diagnosis影像診斷學 | 1.8 | 1.3 | 0.5 |
| Radiotherapy放射治療學 | 0.5 | 0.3 | 0.2 |
| Rehabilitation復健醫學 | 0.9 | 0.4 | 0.5 |
| Introduction to Surgery外科學概論(一)、(二) | 1.9 | 0.9 | 1.0 |
| Pharmacology藥理學(一)、(二) | 4.4 | 2.7 | 1.7 |
| Pathology病理學 | 4 | 2.5 | 1.5 |
| Pathology Lab病理學實驗 | 1 | 0.5 | 0.5 |
| Otolaryngology耳鼻喉科學 | 1.6 | 1.6 | 0 |
| 總學分數 | 39.2 | 22.1 | 17.1 |
(2)醫療與社會人文
| 科目 | 課程總學分 | 上學期學分 | 下學期學分 |
| Medical Humanity and Social Science 醫療與社會人文 | 2 | 2 | 0 |
| 科目 | 課程總學分 | 上學期學分 | 下學期學分 |
| Basic clinical skills (BCS)(一) 基礎臨床技能訓練課程(一) | 1.5 | 1.5 | 0 |
| Basic clinical skills (BCS)(二) 基礎臨床技能訓練課程(二) | 1.5 | 0 | 1.5 |
| 學分數小計 | 3 | 1.5 | 1.5 |
(4)選修課程
| 學科 | 課程總學分 | 上學期學分 | 下學期學分 |
| Recent Advances in Integrative Medicine and Chinese Medicine 整合醫學暨中醫學現代進展 | 2 | 0 | 2 |
| Pharmacology藥理學實驗 | 1 | 0 | 1 |
| 基礎醫學總論 | 2 | 0 | 2 |
| 學分數小計 | 5 | 0 | 5 |
(三)評量方法
每學期每區段授課（Lecture）課程僅一次考試，但藥理學除外尚有期中考及期末考。其餘說明如下：
1、考試及平時考核：筆試成績佔總成績之80%，另20%來自PBL平時考核(而沒有PBL教案之學科總成績亦需包含20%的 PBL平時考核成績)。
(1)考試:
- 授課筆試：分Lecture及PBL教案內容二部分。Lecture考題形式為「傳統式命題」，而有PBL教案的學科尚需包括PBL教案考題，形式為「整合式命題」。
「Lecture考題」：原則上以「傳統式命題」的選擇題為主，題數分配各學科仍可依實際需要作調整。
「PBL教案考題」：原則上每一教案出2~3大題選擇題，每一大題可含2~3小題的連續題組，內容建議以整合式命題(即可涵蓋該區段內之其他學科，以其學以貫之)。(而沒有PBL教案之學科則僅需出「傳統式命題」，無需出PBL「整合式命題」)。
- 病理學及藥理實驗考試：視各實驗內容決定測驗方式，得以跑考或筆試方式進行。
- Basic Clinical Skill 基礎臨床技能之評量方式：以GOSCE跑考方式進行。
(2) PBL平時考核──由PBL tutor打分數，以學生參與討論之表現、資料蒐集及分享表達等方面作考核，以實際分數計分。佔各學科總成績之20%。
2、學期成績及全學年成績登錄方式、不及格認定處置方式
(1)學分配置集中於單一學期之學科，其成績以該學期總成績為準。
(2)學分配置於上、下學期屬全學年之學科(包括：核子醫學、影像診斷學、放射治療學、復健醫學)，以上、下學期成績再分計各佔之學分百分比加權後併計，始得其學科總成績。因此其第一學期之學分及成績均先予列計及登錄，第二學期再依前述計算方式求得學年總成績送交教務處註冊組，註冊組應以該科目之全學年總成績登錄其第二學期成績並重新登錄其第一學期成績(第一、二學期學分數仍依原配置學分數列計)。
(3)依學則規定學科總成績未達60分者為不及格（無論學年併計或學期分計）。
(4)依醫學系選修課程應行注意事項規定：整合課程如課程有一部份不及格，可參加校內外暑修課程補修，或學生可選擇重修全學期整合課程。
(5)學生因學年整合課程之分項科目不及格，而重修整合課程者，其重複修習已修讀及格之科目，得予重複採計成績，唯學分不予重複採計。