1. 教育目標：本系以培育仁心仁術、終身學習、視野寬廣、關懷社會及多元發展潛力之醫師
(1) 具備現代科學之專業知識，充份了解臨床醫療照顧理論基礎。
(2) 培養學習邏輯思考、溝通技巧和臨床知識之外，兼重心智發展、專業態度、與道德倫理。
(3) 終身持續學習、擁有開放心胸，充分關懷病患與社會、重視醫學倫理、具備高度責任感與多元發展之學生。
2. 長程目標
陽明交通大學醫學系的長程目標，希望畢業生未來都能成為與國際醫療接軌的醫師，具備最先進的醫療知識與技能，其中有部分能成為「醫師科學家Physician Scientist」，部分可以繼續發揮創校精神，服務醫療資源缺乏地區，「醫師工程師Physician Engineering」部分能具備跨領域醫療產業技術研發與創業之能力。
(1) 培養與國際醫療接軌的醫師：係指使醫學系之畢業生的專業能力能合乎國際醫療水準，而台灣已經是國際地球村的一員，提昇榮陽體系的醫療水準，使之合乎或超過國際的醫療水準，使其他國家的醫師有意願來榮陽體系受訓或行醫。為了達到此目標，需要有師資、課程、學習環境、國際體驗學習及人才培育補助獎勵等方面的配合：
I.師資方面：醫學系的教師平均學術表現已達國際水準。
II.課程方面：目前的兩年醫預課程、兩年PBL基礎臨床整合課程和兩年的臨床實習訓練，與歐美的醫學教育課程完全接軌。此外尚有具特色的醫師科研學程，規劃了跨領域、跨系所並統合大學部與研究所課程的綜合性訓練學程，提供學生多管道的學習訓練環境及研究的交流推廣。
III.學習環境方面：重視英文教育，通過英文檢定才能升醫五。
IV.國際體驗學習方面：在畢業前，讓學生有機會出國研究、參訪或是實習，參加國際交換學生、國際醫學生會議、短期研究或訪問、接受補助參加國際學術會議發表論文，參與國際志工、國際醫療服務等。
V.人才培育補助獎勵方面：國立陽明交通大學訂有醫學系學生出國獎助辦法。為培育臺北榮民總醫院(榮)及國立陽明交通大學(陽)卓越醫師人才，鼓勵醫學生出國研習、進修、出席國際會議及攻讀碩、博士學位等，回國後繼續於榮陽體系服務，以促進榮陽長遠的研究發展。
(2) 「醫師科學家」：陽明交通大學醫學系非常注重醫學生獨立創新研究的能力，並以培育醫師科學家為具體目標，更希望將來的畢業學生有部分成為醫師科學家。 本系於2006年成立醫師科學家學分學程，發展到自104學年度開始招生的跨領域生醫人才培育班「個人申請醫師科學家組」，其旨在因應新世代醫學發展的趨勢，以新的課程設計，培養兼具臨床專業能力與科學研究能力的生醫領袖人才。 希望招收對科學研究有高度熱忱的醫學生，給予正規的臨床醫學教育與多元的生醫科學研究訓練。學生完成所有畢業條件後，得同時取得醫學士與碩士雙學位。
(3) 「服務醫療資源缺乏地區」: 即使公費生制度取消，陽明交通大學一直傳承這種醫療資源缺乏地區服務精神的傳承。2009年起，為了配合政府推動離島醫學生學成後回鄉服務，陽明交通亦招收離島公費生。早期的分發制度，陽明交通公費生配合政府政策投入所謂的人才羅致困難科，適時補充當時醫療缺乏的「精神科」「麻醉科」與「復健科」，如今這些專科，陽明交通醫學系的比例最高。前十二屆本校亦拔擢成績優良的畢業生加入基礎科學及公共衛生研究的領域，迄今陽明交通醫學系畢業校友在台灣之地方及中央衛生首長的比例最高，影響深遠。近年來醫療面臨重點科別醫師缺乏之窘境，陽明交通醫學系也義不容辭加入「培育醫學系重點科別公費學生」的行列。希望在我們既有的基礎上繼續培養關懷社會且願意到醫療資源缺乏地區服務、或從事五大重點科別的醫師。
(4) 「醫師工程師」： 提供紮實的電資與醫學專業領域課程，旨在培育兼具醫療產業技術研發與創業能力之醫師為核心目標，因應AI時代的來臨。